Câu Hỏi Thường Gặp

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2025, trong quá trình kiểm tra hồ sơ tại trụ sở cơ quan thuế, cơ quan thuế chỉ được thông báo yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu tối đa 02 lần đối với mỗi cuộc kiểm tra. Mỗi lần thông báo, người nộp thuế có 10 ngày làm việc để giải trình. Nếu sau 02 lần thông báo mà người nộp thuế vẫn không giải trình được hoặc không bổ sung đủ tài liệu, và không đủ căn cứ ấn định thuế, cơ quan thuế sẽ ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế – đây là trường hợp thứ 7 trong 09 trường hợp kiểm tra tại trụ sở theo Luật mới.

Bản thân doanh nghiệp không có quyền yêu cầu cơ quan thuế kiểm tra trước hoàn thuế vì đây là quyết định của cơ quan thuế dựa trên phân loại rủi ro. Tuy nhiên, để được hoàn thuế nhanh, doanh nghiệp nên:
• Chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế đầy đủ, chính xác, hợp lệ ngay từ đầu, tránh phải bổ sung nhiều lần.
• Đảm bảo hóa đơn đầu vào có giá trị khấu trừ hợp lệ theo quy định (giao dịch từ 5 triệu đồng phải thanh toán không dùng tiền mặt).
• Duy trì lịch sử tuân thủ thuế tốt để được xếp loại rủi ro thấp, từ đó có khả năng được hoàn thuế trước, kiểm tra sau.
• Tích cực phối hợp với cơ quan thuế trong quá trình xử lý hồ sơ hoàn thuế.
Doanh nghiệp tuân thủ tốt thường được ưu tiên xử lý nhanh hơn theo nguyên tắc quản lý rủi ro.

Có. Theo Luật Quản lý thuế 2025 và quy định về đăng ký kinh doanh, khi doanh nghiệp làm thủ tục giải thể, cơ quan thuế sẽ tiến hành kiểm tra thuế tại trụ sở (thuộc trường hợp thứ 6 – rủi ro cao khi giải thể, chấm dứt hoạt động) để xác định toàn bộ nghĩa vụ thuế còn tồn đọng. Chỉ khi doanh nghiệp hoàn tất đầy đủ nghĩa vụ thuế, không còn nợ thuế và tiền phạt, cơ quan thuế mới xác nhận chấm dứt hiệu lực mã số thuế. Đây là bước bắt buộc trong quy trình giải thể doanh nghiệp, nên doanh nghiệp cần tính thêm thời gian kiểm tra thuế khi lập kế hoạch giải thể.

Doanh nghiệp có giao dịch liên kết cần chuẩn bị thêm hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP, bao gồm:
• Hồ sơ quốc gia (Local File): thông tin về doanh nghiệp, mô tả giao dịch liên kết, phân tích so sánh và áp dụng phương pháp xác định giá.
• Hồ sơ tập đoàn (Master File): thông tin chung về tập đoàn, chuỗi giá trị, chính sách giá toàn cầu.
• Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR): bắt buộc nếu tập đoàn có doanh thu hợp nhất từ 18.000 tỷ đồng trở lên.
• Hợp đồng giao dịch nội bộ và tài liệu chứng minh giá giao dịch đảm bảo nguyên tắc giá thị trường.
Thời hạn kiểm tra doanh nghiệp có giao dịch liên kết là 40 ngày, có thể gia hạn thêm 40 ngày.

Việc nộp thuế điện tử là bắt buộc đối với hầu hết doanh nghiệp tại Việt Nam và không phải yếu tố giảm xác suất bị kiểm tra thuế. Tuy nhiên, doanh nghiệp sử dụng đầy đủ hóa đơn điện tử, kê khai điện tử và thanh toán không tiền mặt tạo ra chuỗi dữ liệu số minh bạch, giúp cơ quan thuế dễ đối chiếu và xác minh. Điều này có thể giúp doanh nghiệp:
• Giảm thời gian kiểm tra vì dữ liệu đã có sẵn, đồng nhất.
• Được phân loại rủi ro thấp hơn nếu số liệu nhất quán.
• Được xếp vào diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau thay vì phải kiểm tra trước hoàn thuế.
Sử dụng phần mềm kế toán tích hợp hóa đơn điện tử như IAM INVOICE là bước quan trọng để quản lý rủi ro thuế trong kỷ nguyên số hóa.

Theo Điều 23 Luật Quản lý thuế 2025, trong trường hợp kiểm tra thuế có dấu hiệu trốn thuế, Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế hoặc trưởng đoàn kiểm tra có thẩm quyền quyết định tạm giữ tài liệu liên quan. Tuy nhiên, đối với kiểm tra thuế thông thường (không có dấu hiệu trốn thuế), đoàn kiểm tra có quyền yêu cầu cung cấp, sao chụp tài liệu, chứng từ liên quan đến nội dung kiểm tra, chứ không phải thu giữ tài liệu gốc tùy tiện. Người nộp thuế có quyền từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra hoặc thuộc bí mật nhà nước trừ trường hợp pháp luật quy định khác.

Các mức phạt áp dụng khi vi phạm thuế bị phát hiện qua kiểm tra tại trụ sở theo pháp luật hiện hành gồm:
• Phạt khai sai dẫn đến thiếu thuế: 10%-20% số thuế khai thiếu, cộng tiền chậm nộp 0,03%/ngày.
• Phạt trốn thuế: từ 1 đến 3 lần số thuế trốn tùy mức độ vi phạm và số lần tái phạm.
• Phạt không nộp hồ sơ khai thuế: từ 2 triệu đến 25 triệu đồng tùy số ngày chậm nộp.
• Phạt sử dụng hóa đơn bất hợp pháp: có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự nếu nghiêm trọng.
• Phạt vi phạm hành chính về hóa đơn: từ 4 triệu đến 50 triệu đồng tùy hành vi.
Ngoài phạt tiền, doanh nghiệp còn bị công khai thông tin vi phạm trên cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế, ảnh hưởng đến uy tín kinh doanh.

Quy trình kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế theo Luật Quản lý thuế 2025 gồm các bước chính:
Bước 1: Cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra và gửi cho người nộp thuế.
Bước 2: Công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế – thời hạn kiểm tra bắt đầu từ ngày này.
Bước 3: Đoàn kiểm tra tiến hành thu thập hồ sơ, tài liệu, chứng từ; yêu cầu giải trình và làm rõ các vấn đề phát sinh.
Bước 4: Lập Biên bản kiểm tra thuế – hai bên ký xác nhận (hoặc ghi ý kiến bảo lưu nếu không đồng ý).
Bước 5: Cơ quan thuế ban hành Kết luận kiểm tra và Quyết định xử lý (nếu có vi phạm) trong thời hạn quy định.
Bước 6: Người nộp thuế thực hiện quyết định xử lý hoặc khiếu nại nếu không đồng ý.

Với việc Luật Quản lý thuế 2025 chính thức có hiệu lực từ 01/07/2026, IAM khuyến nghị doanh nghiệp thực hiện ngay các bước chuẩn bị sau:
1. Rà soát hồ sơ thuế 03-05 năm gần nhất: phát hiện sai sót và kê khai điều chỉnh trước khi bị kiểm tra.
2. Chuẩn hóa hệ thống kế toán và hóa đơn điện tử: đảm bảo dữ liệu đồng nhất, dễ truy xuất.
3. Rà soát giao dịch liên kết: cập nhật hồ sơ xác định giá theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP.
4. Lưu trữ đầy đủ hồ sơ hoàn thuế tối thiểu 05 năm.
5. Đánh giá mức độ rủi ro thuế của doanh nghiệp theo các tiêu chí cơ quan thuế sử dụng.
6. Tham khảo dịch vụ tư vấn thuế chuyên nghiệp từ IAM để xây dựng kế hoạch quản lý rủi ro thuế chủ động và bài bản.

Theo quy định pháp luật thuế hiện hành áp dụng cùng Luật Quản lý thuế 2025, sau khi có kết luận kiểm tra và quyết định xử lý thuế, người nộp thuế phải nộp đủ số thuế truy thu, tiền chậm nộp và tiền phạt trong thời hạn ghi trong quyết định xử lý, thông thường là 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận quyết định xử lý. Nếu không nộp đúng hạn, cơ quan thuế sẽ tiếp tục tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày trên số tiền thuế chưa nộp và có thể áp dụng các biện pháp cưỡng chế thu nợ thuế như phong tỏa tài khoản ngân hàng, kê biên tài sản theo quy định.