Câu Hỏi Thường Gặp

Theo Luật Quản lý thuế 2025, đối với trường hợp kiểm tra theo kế hoạch và chuyên đề, cơ quan thuế chỉ được thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 01 lần trong 01 năm. Giới hạn này nhằm tránh gây phiền hà, ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất – kinh doanh bình thường của doanh nghiệp. Tuy nhiên, giới hạn 01 lần/năm này không áp dụng cho trường hợp kiểm tra lại theo quy định tại điểm a khoản 6 Điều 22. Thực tế, mỗi năm cơ quan thuế đều ban hành kế hoạch kiểm tra (như Quyết định 446/QĐ-CT năm 2026 với 108 doanh nghiệp) và doanh nghiệp có thể nằm trong danh sách nếu thuộc đối tượng rủi ro cao.

Đây là trường hợp thứ 8 trong 09 trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở. Khi có khiếu nại hoặc tố cáo về thuế liên quan đến người nộp thuế – có thể từ chính người nộp thuế, từ đối tác, người lao động hoặc bên thứ ba – cơ quan thuế có thẩm quyền giải quyết sẽ tiến hành kiểm tra tại trụ sở để thu thập thêm bằng chứng, xác minh thực tế và có cơ sở kết luận. Trường hợp này cũng áp dụng khi người nộp thuế tự khiếu nại kết quả kiểm tra trước đó và cơ quan thuế cần xem xét lại. Doanh nghiệp có quyền trình bày ý kiến và cung cấp tài liệu chứng minh trong quá trình giải quyết khiếu nại.

Theo khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, kiểm tra sau hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế áp dụng với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro, và việc kiểm tra phải được thực hiện trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế. Điều này có nghĩa là dù doanh nghiệp đã được hoàn thuế, cơ quan thuế vẫn có thể đến kiểm tra tại trụ sở trong vòng 5 năm để xác minh tính chính xác, hợp pháp của số thuế đã hoàn. Doanh nghiệp cần lưu trữ hồ sơ hoàn thuế tối thiểu 5 năm kể từ ngày nhận quyết định hoàn.

Theo Luật Quản lý thuế 2025, dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế là căn cứ để cơ quan thuế tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Các dấu hiệu thường gặp gồm: khai báo doanh thu bất thường so với thực tế ngành, sử dụng hóa đơn không hợp lệ hoặc hóa đơn khống, mua hóa đơn để tăng chi phí trái quy định, lỗ liên tục nhiều năm nhưng vẫn mở rộng kinh doanh, chênh lệch lớn giữa doanh thu trên tờ khai thuế và doanh thu thực tế, giao dịch với bên liên kết có dấu hiệu chuyển giá. Khi bị xếp vào trường hợp này, cơ quan thuế có thể áp dụng thêm các biện pháp đặc biệt theo Điều 23 Luật Quản lý thuế 2025 như tạm giữ tài liệu, thu thập thông tin từ bên thứ ba.

Đây là trường hợp đầu tiên trong số 09 trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở theo Luật Quản lý thuế 2025. Kiểm tra trước hoàn thuế được áp dụng khi hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc diện phải kiểm tra trước khi ra quyết định hoàn thuế, tức là cơ quan thuế chưa hoàn tiền mà phải xác minh tính hợp lệ của hồ sơ trước. Thông thường, hồ sơ thuộc diện này là những hồ sơ hoàn thuế lần đầu, hồ sơ có giá trị lớn hoặc hồ sơ được đánh giá có rủi ro cao theo nguyên tắc quản lý rủi ro. Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ chứng từ, hóa đơn đầu vào, hợp đồng và tờ khai để đoàn kiểm tra xác minh.

Luật Quản lý thuế 2025 được Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam khóa XV, Kỳ họp thứ 10 thông qua ngày 10/12/2025 và có hiệu lực thi hành từ ngày 01/07/2026. Các quy định về 09 trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được quy định cụ thể tại khoản 3 Điều 22 của Luật này. Doanh nghiệp và người nộp thuế cần nắm rõ các quy định mới để chủ động tuân thủ và tránh rủi ro pháp lý từ ngày luật có hiệu lực.

Đây là trường hợp thứ 9 – kiểm tra lại theo quy định tại điểm a khoản 6 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025. Kiểm tra lại được thực hiện khi cơ quan thuế cấp trên phát hiện kết quả kiểm tra thuế trước đây có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc có sai sót nghiêm trọng. Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên có thẩm quyền quyết định kiểm tra lại đối với hồ sơ đã được kiểm tra bởi cơ quan thuế cấp dưới. Đặc biệt, giới hạn 01 lần/năm không áp dụng cho trường hợp kiểm tra lại này, tức là kiểm tra lại có thể diễn ra bất kỳ lúc nào khi có căn cứ pháp lý.

Có. Chuyển địa điểm kinh doanh là một trong các trường hợp làm phát sinh rủi ro thuế cao theo Luật Quản lý thuế 2025, thuộc trường hợp thứ 6 trong 09 trường hợp kiểm tra tại trụ sở. Khi doanh nghiệp đăng ký thay đổi địa chỉ trụ sở, cơ quan thuế nơi quản lý trước đó có thể thực hiện kiểm tra để chốt nghĩa vụ thuế, xác nhận không còn tồn đọng trước khi bàn giao hồ sơ sang cơ quan thuế mới. Doanh nghiệp cần hoàn tất các tờ khai, nộp đủ các khoản thuế còn nợ, và chuẩn bị hồ sơ sổ sách đầy đủ trước khi đăng ký thay đổi địa chỉ để quá trình diễn ra suôn sẻ.

Theo khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được quy định như sau:
• Doanh nghiệp thông thường: không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, có thể gia hạn 01 lần nhưng tối đa thêm 20 ngày.
• Doanh nghiệp có giao dịch liên kết: không quá 40 ngày, có thể gia hạn 01 lần nhưng tối đa thêm 40 ngày.
• Trường hợp cần trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài: thời hạn kiểm tra có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm.
Lưu ý: Thời hạn không bao gồm thời gian tạm dừng kiểm tra theo thông báo của cơ quan thuế.

Theo khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 (có hiệu lực từ ngày 01/07/2026), cơ quan thuế được phép kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế trong 09 trường hợp cụ thể, bao gồm: kiểm tra trước hoàn thuế, kiểm tra sau hoàn thuế, có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, theo kế hoạch/chuyên đề, theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền, người nộp thuế có rủi ro cao khi tái cơ cấu doanh nghiệp, hồ sơ tại trụ sở thuế chưa đủ cơ sở xử lý, giải quyết khiếu nại – tố cáo và trường hợp kiểm tra lại. Đây là quy định mới thay thế Luật Quản lý thuế 2019.